Howard Carter lahir di London, Inggris, anak Samuel Carter, seorang seniman terampil, yang dilatih dia untuk mengikuti jejaknya, dan Martha Joyce (Sands) Carter.
Pada tahun 1891, pada usia 17, seorang seniman muda berbakat, ia dikirim ke Mesir oleh Dana Eksplorasi Mesir untuk membantu Percy Newberry dalam penggalian dan pencatatan makam Kerajaan Tengah di Beni Hasan. Bahkan pada usia muda dia inovatif dalam meningkatkan metode menyalin hiasan makam. Pada 1892 ia bekerja di bawah asuhan Flinders Petrie untuk satu musim di Amarna, ibukota didirikan oleh Firaun Akhenaten. Dari 1894-1899 ia kemudian bekerja dengan Édouard Naville di Deir el-Bahari, di mana ia mencatat relief dinding di kuil Hatshepsut.
Pada tahun 1899, Carter diangkat inspektur kepala pertama dari Mesir Purbakala Service (EAS). Dia mengawasi sejumlah penggalian di Thebes (sekarang dikenal sebagai Luxor) sebelum ia dipindahkan tahun 1904 ke Inspektorat Mesir Hilir. Howard Carter mengundurkan diri dari Dinas Purbakala pada tahun 1905 setelah penyelidikan menjadi keributan di tempat umum (dikenal sebagai Peristiwa Saqqara) antara penjaga situs Mesir dan sekelompok wisatawan Prancis di mana ia berpihak pada personil Mesir.
